杨林村是个小山村，村里有个叫郑志的少年。前年，他父亲因车祸丢了命；去年，母亲改嫁到外地。爹死娘嫁人，他默默地跟年过六旬的奶奶相依为命。
这天上午，郑志接到母亲的电话。母亲先说给他和奶奶寄了生活费，叫他去取，又说一个月前她生了个男孩，说他有了弟弟。郑志一听，猛地挂了电话。他越想越憋屈，越想越痛苦，于是手提镰刀，气喘吁吁地跑到自家林地里，一下扑倒在地上，大叫：“我不要弟弟—”
在地上躺了半天后，郑志起了身，把锋利的镰刀尖狠狠地刺向树皮。平时他擅长画画，就用镰刀在白杨树上雕刻起了画。
第一棵树上，他刻了个女人头像，这是他妈妈，下边是一双充满怨恨的眼睛，这是他；第二棵树上，他刻了一个男人的头，这是后爹，还有一个小孩的头，这是弟弟，他还画了一条绳索，把两人牢牢地捆在这树上；第三棵树上，他刻了一座高楼，楼的周围飘洒着数不尽的钞票。
刻完后，郑志把刀一扔，躺在地上望着天空，泪水顺着眼角流到了地上。眼泪流干后，他爬起来大叫：“我不要你们的钱，我自己挣，等着瞧吧—”
可是，大人挣钱都不容易，何况一个嘴上无毛的小孩。四年后，他上了高中。几年间，他个子越长越高，日子越过越难，可母亲寄回的钱却没增加。起先，他难免有些怨言，慢慢懂事了，他知道弟弟渐渐大了，母亲的负担也越来越重，这么一想，他便坦然了。
有一天，郑志接到同学罗亮的邀请，去参加生日聚会，他最不喜欢这种活动，可罗亮很真诚，他不好拒绝，便买了个小礼物前去。
聚会很热闹，郑志应付一会儿后便来到阳台看花，他很喜欢一盆叫不出名字的红花。
正在这时，同学李康走了过来，说：“这花几百块钱一盆呢，喜欢吗？”郑志说：“还行。”他不想和李康多说，这家伙有钱，看人总是向下看的。
“还行？几百块一盆的花你说还行？好像你挺有钱似的。”李康一脸的不屑。郑志说：“我哪有你有钱？可你除了钱还有什么？”李康生气地说：“你不就成绩比我好吗？那有屁用！”说着，他伸手推郑志的肩，郑志向后一闪，突然感到肘部撞到了什么，紧接着，便听到“砰”的一声响，探头一看，花盆已被撞到楼下，摔得粉碎……
事后，郑志郑重地对罗亮表示自己必须赔那盆花，罗亮说不必，可郑志在心里发誓：卖血也要赔！
几天后，郑志打听到那盆花值五百，花盆一百。他手头只有一百多块，于是，他利用周末时间去建筑工地干活，一个月后，好不容易凑足了六百块。
一个星期天，郑志敲开了罗亮家的门，掏出六百块钱，郑重其事地交给罗亮的父亲，说：“罗叔叔，我摔坏了您家的花，对不起，这是我赔偿的钱，请您收下。”
罗父赞许地拍拍郑志的肩，说：“事情我都知道了，你的心意我们领了，赔偿就不必了。”郑志非赔不可，看样子不接受赔偿还真不行，罗父只好象征性地收下五十块钱，还一定要留郑志在家吃饭。饭桌上，罗父说：“那花盆和花不稀罕，稀罕的是那养花的土。”
郑志不解地问：“土有什么稀罕的？到处都有土。”
罗父告诉他：最好的天然花土是一种叫“牛屎炭”的土，这是一种泥炭，是天然沼泽地里经过几千年风化沉积形成的，但这东西正宗的比较难买，去年他托了几个人才买到十斤。
几百块一盆的花，有钱人才玩得起，郑志没把这花放在心上，可“牛屎炭”这名字却在他心里扎下了根。
这天是周日，秋高气爽，郑志又一次来到被他雕刻得伤痕累累的白杨树旁，树上的画基本上还能看清模样。他躺在地上，看着树叶飘落，又想起远方的母亲，觉得自己就像那离开树的叶子。
胡思乱想间，郑志忽然想到罗父说的“牛屎炭”。他查过资料，“泥炭”就是按不同程度分解的植物残体堆积物，既然这样，那树叶和泥土经过一定时间的风化、沉积，不也可以成为花土吗？要是那样，不值钱的树叶和泥土不就值钱了吗？
郑志兴奋地跳了起来，马上回家取来了锄头、筛子和刀，在这三棵树前挖了个坑，先铺了一层细土，又铺一层切细的树叶，适当洒一些水，就这样，一层土一层树叶，把坑填满了。
第二年春天，郑志刨出了他自制的“牛屎炭”，装了一小袋，直奔罗亮家。
罗父问了这土的来历，又仔细地看了、闻了、捏了，拍着郑志的肩，说：“这虽然不是正宗的‘牛屎炭’，但也是营养丰富的上好花土，我先用它试着种花，有了效果再告诉你，小伙子真不错！”
三个多月后的一天，罗亮叫郑志到他家，说他父亲有事。郑志忐忑不安地到了罗家，罗父一见他就说：“小郑，我好多位养花的朋友试用了你那花土后，都说好，要买，这个星期天你回家带几百斤来。”
星期天，郑志装了几袋花土，租三轮运到县城。在罗父的指导下，按不同重量分装成很多小袋，然后拉到一个花土销售处，大半天时间便卖完了，得了八百多块。郑志非常高兴，要分一半钱给罗父，罗父坚决谢绝了，看着郑志，他欣慰地说：“小郑，人小志大，你以后定有出息。这花土还可以进一步改进，加油！”
郑志衷心地向罗父鞠躬致谢：“谢谢罗叔叔！”
这以后，郑志经过学习、钻研，在树叶和泥土的选择上做了进一步的改进，他制作了三坑花土，卖了两千多块钱。这次成功令他信心大增，在罗父的指导下，他制作了各类有机花土，并上网销售。
郑志高三这年，和罗父共同成立了一家花土公司，成了学校有名的小老板。可贵的是，他在创业的过程中，没耽误过一天的学习。
一眨眼，临近高考了。一天放学时，郑志突然接到了母亲的电话，母亲关心地询问了他的学习情况，还说打算回老家来陪他考试，顺便看看他是怎么制作花土的。郑志突然情绪激动地说：“妈，您别、别回来，千万别回来！”说完，他立即挂了电话。
这时，罗父正好在郑志身旁，便关心地问为什么不让他妈回来，郑志说不想让她回来看到那“三棵树”。罗父越听越糊涂，问起“三棵树”的故事，郑志说，等高考完后带他去看。
高考后的一天，郑志带着罗父来到了他家的山林里，走到了那三棵树前。
罗父看了三棵树上那些还能勉强分清模样的画，奇怪地问：“这些画是什么意思？”
郑志这才说出了他的身世和这些画的意思。罗父看着那三棵树，又看看郑志，说：“当初，怨恨、自卑、嫉妒，是你心中的三棵树。如果任这三棵树疯长，撑破的就是你的灵魂。现在，你让它们上面的叶子落下，变成泥土，变成肥料，心中开出的就是鲜花。”
郑志满眼泪花，说：“罗叔叔，您说得真好！”
一个多月后，郑志收到了大学的录取通知书。离开家乡时，他带上了两包花土：一包带到母亲那里，一包带到大学里。他相信，美丽的鲜花人人都喜欢，种花就要花土，他的花土已经注册了商标，名字就叫“三棵树”。