如今前往杭州西湖游览的人越来越多，愿意上山凭吊于谦墓园的人，却越来越少，人们对他的记忆日趋淡漠了。
明朝文人写的史书，对他是货誉有加的，邓元锡的《皇明书》、朱国桢的《皇明大事记》、张岱的《石匮书》，莫不如此。众口一词称颂的无非是三点。一是此人颇有才气。年少时就有“异才奇气”，读书过目就可背诵。十六岁成为县学诸生，英迈过人，每有难事，他“巡绕数行，辄得奇计”。二是此人很有行政才干。巡按江西时，平反冤狱，革除弊政，百姓称为“神明”。三十三岁巡抚河南、山西两省，“问民所疾苦，加意湔剔”。三是此人为官清廉，两袖清风。他入朝担任兵部右侍郎时，有人提醒官场潜规则，必须上下左右“打点”，即使不送金银，也应送一些土特产，美其名曰“充交际”。于谦笑着举起两袖说：“吾惟有清风而已。”他被处死抄家，“清贫萧然”，只有书籍，以及皇帝赏赐的玺书、袍铠、冠带之类。
这样一位清正廉明而且功勋卓著的高级官僚，何以会有杀头抄家的结局呢原因是复杂的。如果要一言以蔽之，在皇帝易位、政权更迭之际，工于谋国而拙于谋身，即使像于谦这样能够力挽狂澜的干才，面对复杂的政治斗争，也难免顾此失彼。
正统十四年八月，明英宗朱祁镇在太监王振怂恿下，御驾亲征。结果在居庸关西北的土木堡遭到蒙古军队的突击，全军覆没，扈驾的几百名官员战死，皇帝朱祁镇当了俘虏，王振则被护卫将军樊忠用铁锤砸死。
皇帝被敌军俘虏，简直是奇耻大辱，大臣们向代理朝政的郕王朱祁钰提议，应当对“倾危社稷，构陷皇帝”的王振的党羽与家属，严加惩处，以安人心。话音刚落，愤怒的官员一拥而上，把王振的党羽马顺活活打死，接着又把另外两个党羽毛某、王某打死。王振的侄子王山也被抓来，跪于廷前。一时间朝班大乱。缺乏政治经验的郕王朱祁钰不知所措，溜之大吉。刚刚升任兵部尚书的于谦当机立断，一把抓住朱祁钰的袍袖，向他耳语几句，请他当场表态。朱祁钰按照于谦的交代，对文武百官说，马顺等罪该处死，随即下令，把王山押往西市凌迟处死，王振家属无论老少全部斩首，家产充公。一场骚乱终于平息。吏部尚书王直握着于谦的手说：今日之事，即使有一百个王直，也办不好啊!
国不可一日无君，太后接受群臣的建议，命郕王即帝位。郕王惊慌失措，躲进了自己的王府。于谦前往劝说，臣等实在是担忧国家，并非为私人考虑。九月初六，郕王朱祁钰受命登基，改年号为景泰，遥尊英宗为太上皇。
这两件事使得朱祁钰对于谦顿生敬意，加封他为太子少保。当时京城人心汹汹，副都御史徐有贞主张“南迁”，实际上是放弃北京逃跑。于谦坚决反对，声泪俱下地对皇帝说：京师乃天下根本，宗庙社稷宫阙百官万姓所在，一动大事尽去。敢言南迁者，斩!他也反对关闭九门困守的消极态度，主张积极出击，挫败敌军的狂锋，说：“不能战，何以守”他亲临前线，誓师六军：如今事机在此一举，一不奋勇则祸患立至，虽生不如死。
挽狂澜于既倒，干谦厥功至伟，朱祁钰对他更加倚重。他兢兢业业忠心报国，经常在办公室过夜，很少回家。操劳过度，痰疾发作。皇帝朱祁钰不仅派遣太监轮番前往探视，而且自己亲自上万岁山砍伐竹子，提取竹沥，送给于谦服用。《明史·于谦传》对于这一细节，有这样的感叹：“宠谦太过!”这话的含义意味深长，皇帝的过分宠信必然会引来其他官僚的妒忌，使自己处于孤立的境地。正如、《皇明书》所说：皇上推诚委任，于谦亦自信不疑，于是忌者侧目，言官们说他“柄用过重”，“目为跋扈”。《石匮书》也说他：“衿傲自用，遇勋庸国戚若婴稚，视士类无当。”这对于于谦而言，并不是好事。
何况朱祁钰登上皇帝宝座后，贪位心理作祟，一方面把回归的英宗朱祁镇幽禁于南宫；另一方面废掉英宗长子朱见深的皇储名位，改封为沂王；册立自己的儿子朱见济为皇储。内阁六部大臣迫于皇帝压力，起草文件，声称：陛下使国家中兴，皇储理应归于圣子。于谦惊愕无语，考虑到皇帝对自己的恩宠，违心地在文件上签了名。不久，朱祁钰的独子——皇储朱见济夭折，储位虚悬，不少正直官员主张恢复沂王朱见深的皇储名位，遭到皇帝的否决。于谦再一次陷入困境，既不便表示赞成，也不便表示反对，只能保持沉默。英宗复辟以后，这就成了政敌攻击他的一条罪状。于谦已经预感杀身之祸随时可能降临，引镜自照，叹息道：此一腔热血不知竟抛洒于何地
一手策划英宗复辟的石亨、徐有贞，得到再度登上皇位的朱祁镇的宠信，公报私仇，诬陷于谦和内阁大学士王文“意欲迎襄王世子”为皇储。三法司官员屈服于石、徐之流的淫威，以“谋逆”罪判处于、王二人极刑(凌迟)。对于这样的诬陷，王文愤怒之极，眼若喷火，据理抗辩。于谦在一旁冷笑道：这是石亨、徐有贞的意思，辩也无用，不论事情有无，彼等一定要置我辈于死地。
这样的判决，连英宗也于心不忍，说了一句良心话：“于谦实有功。”徐有贞声色俱厉地回答：“不杀于谦，此举为无名。”意思是说，假如不处死于谦，那么把景泰皇帝赶下台，把你重新捧上皇帝宝座，就名不正言不顺。朱祁镇只得妥协，把于、王二人由极刑改为斩首。史书说：“(于谦)死之日，天日如骤变，阴霾四塞，天下并冤之。”反映了当时的民心所向。都督同知陈逵感念于谦的忠义，为之收殓遗骨。次年，于谦的女婿朱骥把他的遗骨归葬杭州。宪宗即位后，纠正父皇的错误，为于谦平反昭雪，恢复原官，派员祭祀。孝宗即位后，追赠太傅头衔，赐予谥号“肃愍”(神宗时改谥号为“忠肃”)，建旌功祠。虽然晚了一点，毕竟是非自有公论。