1949年是沈从文的一个重要关口：他转入了在历史博物馆三十年的日子，一生由此断然分成鲜明的两段：文学创作和文物研究。事隔多年，沈从文的夫人张兆和在北京崇文门寓所平静地回忆道：
1949年二三月，沈从文不开心，闹情绪，原因主要是郭沫若在香港发表的那篇《斥反动文艺》，北大学生重新抄在大字报上。当时他压力很大，受刺激，心里紧张，觉得没有大希望。他想用保险片自杀，割脖子上的血管……
而沈从文在一封未寄出的长信中谈及在革命大学心情：“……听李维汉讲话说，国家有了面子，在世界上有了面子，就好了，个人算什么?说得很好，我就那么在学习为人民服务意义下，学习为国家有面子体会下，一天又一天的沉默活下来了。个人渺小得很，算不了什么的!”他在信中连续四次说到“个人渺小”。对沈从文相知较深的老同事史树青回忆，沈先生的脖子上有刀割的痕迹，但他后来一概不谈自杀之事。
历史博物馆及国家文物局历任领导对沈从文的“转业”充满复杂而微妙的情感。老同事杨文和说：“馆里有一段对沈先生不好，沈先生情绪低落。沈先生要什么不给什么，沈先生要一间办公房，馆里就是不撒口。我曾听一位副馆长说，‘沈从文，哼，鸳鸯蝴蝶派!’”
在原历史博物馆副馆长陈乔的记忆中，历史博物馆的几任领导都把沈从文看成是“统战对象”：“张文教是馆里第一任书记，50年代初就到了馆里。他看不起旧知识分子，对沈从文这样的专家不太客气，动不动就训人一顿，训得太严。而且张经常诈人，让人交待历史。”
在那漫长的岁月里，我们很难从沈从文的口中、笔下得到他对领导的意见。他是一个沉默的人。只是到了1968年“大批走资派”的年代，我们才在沈从文的检查稿中读到那样的激愤：“这是谁的责任?我想领导业务的应负责任。他本人对文物学了什么?只有天知道!说我飘飘荡荡不安心工作，到我搞出点成绩，他又有理由说我是‘白专’了。全不想想直接领导业务，而对具体文物业务那么无知而不学，是什么?”
1959年1月8日是沈从文五十八岁的生日，这一天他在故宫陪三十多个年轻美术学生看了一天绸缎和陶瓷，非常疲累，他给云六大哥写信，信中说：“我总深信只要工作对国家整个向前有益，也就够了。个人吃点亏或生活寂寞些，都无妨。”他此时最大的感叹是，“没有一个真正知道我在为什么努力的人”。
“文革”初期，沈从文终于没有躲过去。面对满墙大字报，极为忧愁地告诉史树青：“台湾骂我是反动文人，共产党说我是反共老手，我是有家难归，我往哪去呢?”
让沈从文震惊的是，写大字报揭发最多的居然是他曾经帮助过的范曾。范曾写道：“(沈从文)头上长脓包，烂透了。写黄色小说，开黄色舞会。”沈从文在一张大字报中用了八个字来表达观后感：“十分痛苦，巨大震动”。
“文革”期间与沈从文过从甚密的黄能馥、陈娟娟夫妇说：“那时，范曾画了一个屈原像。沈先生看后，还是善意地指出一些服饰上的错误。范曾指着沈先生说，“你那套过时了，收起你那套。我这是中央批准的，你靠边吧。”记得那是冬天，下着大雪，路上很滑，沈先生走了一个多小时到我们家。他气得眼睛红红的，一进门就讲了范曾的事情。他说，‘一辈子没讲过别人的坏话，我今天不讲，会憋死的。’”这是沈从文晚年最惨痛的一件事情，后来他再也不提范的名字。
沈从文跟陈乔、史树青他们一起关进牛棚，挨斗挨批之余，就是清扫厕所，拔草。有时发呆地看着天安门广场人来人往的景象，然后回过头对史树青说：“我去擦厕所上面的玻璃。”常去探望的林斤澜描述道，临近生命终点的沈从文常常一个人木然地看着电视，一坐就是大半天，无所思无所欲。有一次，沈从文突然对汪曾祺、林斤澜说了这么一句：“我对这个世界没什么好说的!”