宋孝宗即位后，也想整顿朝纲，抗击金兵，收复大宋疆土，因此一度出现了较好的局面。他即位后不久就下诏书，要大臣们对朝廷政治提意见。曾任泉州同安（今福建厦门东北）主簿的朱熹立即写了奏章。在奏章中他指出，与金人“不作战不能复仇，不守住国土不能确保胜利”；甚至提出，和议有百害而无一利。他还劝孝宗要“正心诚意”，多学知识，管好国家。
朱熹是南宋时着名的哲学家、教育家，徽州婺源（今属江西）人，公元1148年（宋高宗绍兴十八年）的进士。朱熹从小就很聪明，有悟性。在他刚学说话的年龄，有一天，他父亲朱松手指着天空教他说：“天。”朱熹仰头看看天，眨巴着眼睛竟问他父亲道：“天的上面是什么东西呀？”朱松又惊又喜，于是便教他读书。朱熹学习很努力，熟读经史，受到老师的赞赏，称他是一个不可多得的人才。
公元1163年，朱熹被朝廷授予武学博士一职，两年后到临安上任。但那时宋军在符离（今江苏宿州东北）大败，宋金签订了“隆兴和议”；而宋孝宗依仗为抗金“长城”的大臣张浚，也病死了，朝中主和派又占了上风。主张抗金的朱熹受不了这样的环境，不多久便辞职回家。十多年后，他已经四十九岁时，才又到南康军（治所在今江西星子）主持政务。
任职期间，朱熹修复了庐山五老峰下的白鹿洞书院，并亲自为学生讲课。那时，他的学说正是发展成熟时期，影响很大，因此吸引了各地的读书人，他们纷纷来到白鹿洞书院求学。白鹿洞书院一时间也声名远扬，成了和石鼓、应天、岳麓齐名的宋代“四大书院”。
朱熹在学术上最大的成就，是发展了北宋哲学家程颢（ｈàｏ）、程颐兄弟关于“理气”的学说，集理学之大成，建立了一个完整的理学体系。
自从汉武帝推行“罢黜百家，独尊儒术”以后，儒家学说便成了中国古代思想文化的主流。为了适应各个不同时期封建统治的需要，儒家所提倡的学说又有所不同。宋代的儒学着重阐释天道义理，所以叫理学，也称道学。它是新儒学，是儒学发展史上最大的学派和思想体系。
理学的先驱是北宋早期的哲学家周敦颐，奠基者是程颢、程颐。兄弟俩都是周敦颐的学生，世称二程。他们长期在原籍洛阳讲学，建立了以“天理”为核心的唯心主义理学体系。他们以“理”为最高范畴，主张“天下只有一个理”，认为“天理”是独立存在的精神实体，产生万物，主宰万物，“顺之者昌，逆之则难”；他们还提出了“存天理，灭人欲”这一着名的理学原则。当时曾有人问：如果寡妇家庭贫穷，能不能改嫁？他们回答说：“饿死事极小，失节事极大。”
朱熹是二程的四传弟子，他继承并发扬了二程的学说，他们的学说被世人称为“程朱理学”。朱熹继承并发展了二程的“理”、“气”学说，主张理、气相依而不能相离，“天地之间，有理有气。”理是生物的根本，气是生物的形态。但“理在先，气在后”，“理生气”，“有理便有气，流行发育万物。”这就是朱熹理学的哲学本体论。
朱熹的理学也具有辩证法思想，他提出“凡事无不相反以相成”，天下事物都是“一分为二”的，都有相对应或对立的一面。这些对应、对立的方面是相互转化、相互联系的。朱熹还继承了二程的主张，坚持“天理”和“人欲”的对立，提倡“存天理，灭人欲”，把人的自我完善放在最重要的地位。
公元1190年，宋光宗即位，朱熹被授以漳州（在今福建）知府一职。三年后，他又调到潭州（今湖南长沙）当知府。在潭州，他又重建了四大书院之一的岳麓书院，引来众多的学子前来求学。公元1195年，宋宁宗即位，朱熹被宰相赵汝愚推荐为焕章阁侍讲。但赵汝愚是太宗赵匡义的后代，宁宗是太祖的后人，因此他不久就引起了宁宗的猜忌，被贬为福州知府。朱熹等人也受到株连，他不仅被罢官，连他的理学也被定为是“伪学”，他的学生被称为“伪党”。这就是历史上的“庆元党禁”。
公元1200年，七十一岁的朱熹因病去世。他去世后，党禁渐渐放松，他的学说也渐渐受到重视。到元代时，科举考试要采用他的《四书集注》；而明清两代则把他的学说提到儒学正宗的地位，成为中国封建社会后期的统治思想。日本在江户时代，也流行他的“朱子学”，可见，他的学说的影响是巨大而深远的。
朱熹的重要着作有《四书集注》、《诗集传》、《楚辞集注》、《易本义》、《通鉴纲目》等，后人偏有《朱子语类》和《朱子大全》。