清晨，李斯醒来发现助手琼不见了。昨晚他俩同时在岩洞里钻进各自的睡袋躺下，她会去哪里呢？在这茫茫的原始森林中失踪，后果不堪设想。琼出身于探险世家，祖父和父亲都是著名的探险家，祖父就是因探险遇难的。
突然，前面不远处的林子里有异样的响动，李斯警惕地隐蔽起来。在这样的环境里，除了正常的虫鸣鸟叫、各类小动物的穿梭爬行声音外，李斯能辨其他很多种声音，危险动物就不用说了，高等动物的声音如野人，是他最关心的。
当响声“呼呼”似一阵旋风在几米远的前方穿梭时，他为之一振，急忙猫腰追去。快要靠近时，背上被什么轻拍了一下，他猛地回头，原来是一个青年猎人，在这种时候见到人，他激动得直想哭。
猎人告诉李斯，他给一个考察组当向导，有一个队员失踪了，派他沿途寻找。李斯也把自己的情况如实告诉了他，猎人说，那正好我们结伴找。他问李斯下一步的打算，李斯掏出一张破旧的地图，指着上面一处红色标记说，他要去这溪水的源头。
两人刚要动身往前赶，突然一张黑网迎面罩来，猎人一见，对着一棵小树猛砍一刀，小树倒向黑网。两人刚松了一口气，另一张黑网再次撒向他俩，这回躲闪不及，给网住了，而且越挣扎越紧，他俩只好放弃挣扎。因疲劳困顿，在网内又动弹不得，坚持了半日，两人又迷迷糊糊昏睡过去。
午夜醒来时，他俩被捆绑着关在一个破草棚里，也不知过了多久，李斯直觉有人来到了面前，微弱的月光照进棚里，他却看不见来人。突然，他脑子一激灵，莫不是已经遇上了传说中的隐形人？
不一会儿，屋里亮起了一盏松明灯，他终于看到一张少女的脸，她朝他微笑着，手捧一个大竹筒喂他俩喝水。这真是生命之水啊，快渴死了，他怀着感激的心情，激动得在心里给她取名水妹，水喝完，灯灭了，水妹也不见了。
天亮后，李斯发现草棚里除了几个简陋的木墩、竹筒，根本没人，他真怀疑昨晚是做梦，再看猎人，这家伙还在呼呼大睡，正要喊他，一只手伸过来捂住了他的嘴。
“琼！是你！”眼前的人竟是失踪好些天的琼。“老师，我还以为再也见不到你了。”琼哭了，给李斯松了绑后，琼告诉他，自己是睡梦中被掳到这来的，也不知道对方是什么人。李斯也把昨晚的情形告诉了琼，说：“咱们是不是遇到传说中的隐形人了？”琼说很像，传说中，隐形人可按自己的意愿现身或隐形，不过昏迷或死亡后一定现身。
李斯指着猎人说，他怎么昏睡不醒？琼笑说：“我发现他睡觉睁一只眼闭一只眼，怕他使坏，就给他喷了迷药。”为了自卫，李斯和琼身上的纽扣都是特制的，对准人挤压后，里面的迷幻剂会致对方昏迷。
琼去她住的草棚里端来用竹筒盛着的蜂蜜，树叶包裹的黑米糊，说这里只有这些吃的。李斯吃过后，精神好多了，又想起水妹，问琼见过没有？琼摇摇头，说她还没见到过任何人，但感觉被监视着，因为她只要走远一点，就有突然冒出的蛇挡着去路，吓得她不敢离开半步。她吃的东西早上醒来就放在草棚里了，白天吃了，第二天又有。李斯很惊讶，想如果能解开“水妹”之谜，隐形人的神秘面纱将逐渐被撩开，这也是他俩此行的目的。猎人醒过来了，李斯忙叫他吃东西。
天黑后，李斯祈祷水妹能再次出现，并与她说话。凌晨时，棚外果然传来一阵特有的响声，他急忙追出去。靠近响声时，他按压了一颗纽扣，瞬间几步之外倒下一个女子，他急忙扛起她往琼的草棚跑。
李斯告诉琼，他那晚见到的水妹就是她。两人端详着水妹，感觉她与正常人没啥差别，只是身材很娇小，李斯遗憾地说，可惜相机弄丢了。李斯要琼想办法尽快取得水妹的信任，与她沟通交流；他先出去，免得水妹醒来受惊。
次日晌午，琼来告诉李斯说，她终于博得了水妹的好感，令她惊讶的是，水妹会写很多常用字，彼此说话也能听懂。
水妹忧虑地告诉她，她不知道自己为啥与正常人不一样。她从懂事起就住在这样一个与世隔绝的地方，听长辈说，他们的族人在一次抵挡外人的捕杀与追剿时，青壮年男人全部阵亡，这之后，为隐形人传宗接代成了头等大事。出没原始森林的男人很少，诱捕男人就更难了。李斯是她在森林里转了一个月才发现的猎物，可是，那天去的姐妹少，弄不动他，隐形人的力气比正常人小得多，她们只是对正常人的气味很敏感，很远就能闻到而跟踪。她先把琼弄走后，回去叫来姐妹再捉李斯。
琼恳求水妹帮助他们尽快逃离这里，因为她担心水妹的同伴很快会把李斯和猎人掳去行接种之事。水妹同意了，说等时机到了再说。
两天后，水妹跑来告诉琼和李斯，她的姐妹诱捕了三个因追捕野象迷路的男人，正在庆贺准备行接种之事，这是逃走的绝好机会，要做好准备等她的消息。
次日天亮前，水妹悄悄来了，她给了琼几颗紫色和黑色的小野果，让他们三人先吃紫色的，说吃了这个能暂时除去人的气味，免得被她的姐妹跟踪追上，逃脱后再吃黑色的恢复“人气”。水妹把他们几个送到岩洞口时，突然，猎人大喊肚子痛，接着捂着肚子蹲下身，大家忙走近问他怎么回事？突然，李斯和琼也身子摇晃着倒了下去……
待李斯醒来，水妹和猎人不见了，他俩急得脸色煞白，正不知如何是好，细心的琼捧起地上一块沾了粉末的泥土说：“我明白了，刚才有人撒了迷药。”
“这里没外人，一定是他干的！”琼气愤地说。“你怀疑是猎人？”李斯惊问。“不是怀疑，肯定是他干的！”李斯焦急地说：“我们天黑前要找到他们，否则很麻烦。”可两人刚迈步就头晕目眩，全身无力。“我忘了，我们还没吃黑色野果恢复‘人气’。”琼说罢从口袋里掏出黑果，两人一人吃了两颗，果然好多了。琼望着剩下的两颗，嘴角露出一丝得意的笑。
两人没多久就追上了猎人，他正累得直喘粗气，肩上扛着被绑得结结实实的水妹，水妹还在昏迷中。见他俩追上来，猎人假惺惺地说，水妹施了迷药晕倒后，大家要把他掳回去，被有防备的他制伏了。
“好，咱们正好把水妹带回去当活标本卖了发财，对吗，猎人？”琼冷笑着说。被揭穿的猎人脸上红一阵白一阵。“快点给水妹解药！”琼厉声说，“如果让她的同伴找来，大家都逃不掉！”猎人听罢不情愿地给水妹吃了解药。
水妹醒来就急着要回去。分手时，三人都哭了，这是他们今生的永别啊！水妹从怀里掏出一个布包交给琼，琼接过后两人紧紧地拥抱了许久才分开。
“这是什么？”水妹走后李斯问。“这是我祖父留下的隐形人研究资料，水妹与我是有血缘的堂妹呢，祖父生前常教她写字，学正常人说话。其实我的祖父没有如外界传言的遇难身亡，而是在隐形人里终老过世的。”琼含着泪说完这些，李斯也落泪了，他不敢想，老一辈探险家在这里过的是怎样的日子。
两人临走，猎人问：“黑果呢？”琼说：“我们会放在前面一个做了记号的树下，我们得与你保持距离，再见，我们先走了。”
回去不久，李斯和琼没想到猎人还是不顾他俩的反对，向媒体披露了隐形人之事，不过外界说这是谎言，还说李斯是伪科学家，琼也因此遭到非议和质疑。
李斯退休后，琼也结束了探险生涯，他们从不接受媒体关于隐形人的采访，他们记着水妹的话，忘了她及她的同类，她们终究会在地球上消失。