当老师领着倪玛站在二年一班的教室里，倪玛紧闭着嘴唇，只专注地看教室窗台上的一只小鸟。倪玛坐在教室的最后一排，小脑袋趴在桌子上脸向着外面，没人知道她在看些什么想些什么。而简生是克己守礼的学生，年年的三好生。倪玛吸引着简生的目光，但只是站在远处淡然地看着，绝无走上前去的想法。直到倪玛要救一只受伤的小鸟，与男同学厮打在一起，倪玛一次次被打倒，仍倔强着再站起来保持战斗的姿态。简生从不知道自己有那么大的力量，可以一个人打倒4个男孩子。简生把倪玛带回了家，想帮倪玛包扎，倒是倪玛手脚利索地先给简生处理伤口，然后再给自己包扎。那时简生的妈妈第一次见到这个叫倪玛的女孩子，她不喜欢这种不在规矩之内的女孩子，哪怕她站在她面前时，只有6岁。她一生都在抗拒她认为的坏女人靠近自己的丈夫与儿子。
经常是倪玛披头散发地站在学校门口快快地编好辫子再走进教室，她的辫子又粗又黑，像海水深处的水藻，永远无法理清。简生会跟在倪玛后面，终于有一天倪玛回头对他笑，说：“来吧。”这是简生第一次看到倪玛笑，这个孤独的小女孩，从不曾在学校里笑过，此刻的笑容像河流源头兀然绽放的一朵小花。倪玛带着简生，去那些茂密的树林，那些小镇边缘所有荒废的地方，废墟、垃圾、茂盛的草木，倪玛捉蝴蝶，久久看那些蝴蝶美丽的背纹，看过后就放走它们。倪玛给简生讲每一片叶子的故事，它们怎么度过一年四季，它们的汁液是什么味道，可以活多少年。这时的倪玛是快乐的，在树林中奔跑，她的头发会散开，让简生觉得这里才是倪玛的家，她像森林的女儿，离开森林便筋脉尽断。
后来简生偷偷把倪玛带回家，他们爬墙而过，尽量不发出声音，然后一起做作业。简生会辅导倪玛学习，他发现倪玛聪明至极，只是抵抗着任何来自学校的教导。他们从不提起简生的妈妈，他也从不问倪玛的爸爸，像某种默契。父母多年的沉默，已经让简生以为，人生有些事情只需要自己看到，没人需要讲出来。
10岁这一年，简生的父亲离开。父亲终于无法忍受这沉默。简生的妈妈拉过简生，郑重对简生说，从此我只有你一个人，你要争气。简生看到妈妈的脸上并不是悲哀，而是决绝。从这一年，简生的童年结束。他成为妈妈的好儿子，学校里最好的学生，妈妈和老师都警告过他，不许和倪玛这样的孩子来往，她是个野种。可是在简生觉得，倪玛就是自己，倪玛从来不在乎别人怎么想，她敢做她想做的一切。甚至在他日后多年的苦痛中，只有倪玛冷静地看着他，并不劝慰，也终于让简生知道，所有的苦痛，无论当初有着怎样的理由，其实都是自己的懦弱。简生永远是全学年第一，有特权不参加学校的义务劳动，甚或体育课也可以选择不去，简生像一个学习标本，生生被钉在大家的眼光下一览无余。他除了读书离开，并无他途。可是倪玛却开始淡出他的视线，她开始有新的玩伴，甚至开始早恋。简生曾问她，那男孩子有什么好，你喜欢他？倪玛只说，我并不喜欢他，我只是想要初恋。倪玛开始旷课，然后在某一日再安静地出现在教室。老师几乎已经当她不存在，他们教育女学生时，就会说，你想像倪玛那样堕落吗？以后没有工作，没有前途，也不会有男人喜欢她。可是只有看到倪玛时，简生的心才是安的，他也不喜欢倪玛的生活方式，可是看着她的时候，才觉得自己还算是活着的。简生的生活只剩下学习，只有学习，他才能离开这个小城，再不回来。
升到高三，倪玛找到简生说，你帮我补习吧，我要考出去。他们又恢复童年时的样子，倪玛偷偷溜进简生的房间，也许倪玛只是需要这样一种约束，可以在简生的房间里真正专注地学习。倪玛在这一年安静读书，然后远远地考了出去，简生去了上海最好的学校，最好的专业，倪玛勉强在上海一所普通学校里读哲学。简生问她，为什么读这样无用的专业。倪玛笑笑，我喜欢，无用也是一种奢侈。离开小城时，简生第一次看到倪玛的父亲，一个被生活压掉所有热情的男子。倪玛上了火车对简生说，我爸爸放心了，他会觉得我不会饿死了，会学习一技之长养活自己。简生从来不曾问过倪玛，她的妈妈、她的爸爸，那是倪玛自己的故事，他想她是不愿被打扰的。