赵南星是明代著名的散曲作家，同时也是东林党的领袖之一，与邹元标，顾宪成有东林党三君的美称。
赵南星自幼聪慧，九岁的时候就已经有了神童的称号。隆庆庚午年间中举，万历二年进士及第，初时授官河南汝宁推官。
在河南任职期间，赵南星尽职尽责，为官清廉刚正，为政有功，所以不久之后就升任为户部主事。在担任户部主事期间，坚持自己的为官原则，刚直不阿，不慕权贵。
万历初年，国家大权都掌握在内阁首辅张居正的手里。张居正是历史上著名的宰相，后世一些学者甚至给他冠上千古一相的称号。他在万历年间实行的一些政治改革，使得已经逐渐顷颓的明朝，焕发了新的生命。特别是他对当时赋税改革的实行的一条鞭法，更是中国赋税改革历史上无法忽视的一个环节。
万历帝继位之时，年纪尚幼，不能亲政，所以国家大权基本都掌握在张居正的手里。当时张居正身患重病，卧床不起。朝中大臣们都纷纷前往探望，互相祈祷，生怕自己落在人后，会给张居正留下不好的印象，导致自己官途艰难。但是赵南星和顾宪成等却未曾前去，与他人有着明显的区别。
张居正去世之后，朝中官员都纷纷上书弹劾张居正，而赵南星却未曾落井下石。在张居正死后，赵南星改任吏部考功主事，但是因为厌恶朝中结党营私的现状，加之当时正好得罪了尚书杨巍，所以干脆就称病辞官，回归故里。
1584年，赵南星被起任为吏部文选司员外郎。当时朝政越发混乱，存在很多的问题。赵南星回到朝廷之后，多次上书批判时弊，陈述救时要务。同时还针对抨击一些危害国家的奸臣，比如左都御史吴时来、左副都御史詹仰庇、黄洪宪等人。但是皇帝却根本不听赵南星所言，赵南星后来在奸臣的群起攻之的情况下，再次称病辞职，回归故里。
1592年，原谅吏部尚书陆光祖被解除职位，赵南星被起用，调补吏部考功郎中。万历二十一年，赵南星协助时任吏部尚书的孙龙考察官员，不徇私情，不畏权贵，秉公澄太要路私人，罢免了姻亲王三友，孙龙的外甥吕癔昌，大学士赵志皋的弟弟，立下大功。
明神宗是，明朝历史上有名的懒散皇帝，特别是到了后期，更是不务正业，整日都待在皇宫中贪玩享乐。大臣们多的是十天半个月见不到皇帝，朝政混乱，奸臣比比皆是。他们玩弄朝政，大肆揽权，打压异己。
针对这种情况，赵南星多次上书劝诫，但是皇帝却一直不听，依然故我。后来赵南星被奸臣们围攻，差点以专权职党、贬罚三官的罪名被问罪。幸而得李世达等群臣相救，才得以免于危难，最后被贬为平民。
贬官回到故里的赵南星，开始了闲居讲课的日子。开馆授课，著书立说，声望大震，与当时顾宪成、邹元标南北呼应，誉称东林三君。
天启元年，明熹宗继位，赵南星被任命为常少卿，左通政、太常寺卿，又诏为工部右侍郎。赵南星多次推辞，最后还是在众人的劝说下，才领诏赴京。不久之后，升都察左都御史，天启元年升任吏部尚书。
当时奸宦魏忠贤专权擅政，朝中许多官员投靠魏忠贤，阉党成势。为了控制朝政，魏忠贤大肆揽权，打压异己，残害忠良。天启五年，赵南星也被魏忠贤迫害削籍，戍边代州。
崇祯帝继位之后，原本是召赵南星还朝的，但是当时山西巡抚牟志奎为魏忠贤党羽，扣诏不发。赵南星因此未能见到诏书，最终冤死戍所，享年七十八岁。魏忠贤倒台之后，冤情得昭雪，崇祯帝下令赠他太子太保，谥忠毅。