自古以来，中国的婆媳关系都很复杂，在日常生活往往会出现失调的情况。毕竟两代人之间，还是存在着很多差异的。而慈禧太后和孝哲毅皇后之间，不仅仅存在着婆媳之间的一般矛盾，还有其他原因，导致了两人关系的不和。
与其说两人之间的关系存在问题，不如说是慈禧太后一人对孝哲毅皇后看不惯。在孝哲毅皇后入宫之后，不仅时常看不惯，虐待孝哲毅皇后，甚至有的时候还出手干预她与同治帝之间的夫妻生活。而两人关系不和，也不仅仅流传在宫闱中，甚至广为人所知。以至于后来，孝哲毅皇后年纪轻轻，身体康健，却与同治帝前后脚去世，给人们留下了很多的谜团。民间传说，孝哲毅皇后之所以那么年轻便死了，正是由慈禧太后逼迫所致。那么问题就来了，慈禧太后到底为什么那么讨厌孝哲毅皇后呢？
首先是因为孝哲毅皇后阿鲁特氏，本来就不是慈禧太后相中的皇后。在给同治帝选择皇后的时候，慈禧太后中意的是凤秀之女，而不是崇绮之女。而阿鲁特氏作为崇绮之女，能当上皇后，是因为慈安太后和同治帝同意的结果。在这方博弈中，很显然慈禧太后是输了。这一先决条件，就决定了孝哲毅皇后很难得到慈禧太后的喜爱。
其次孝哲毅皇后入宫之后，与同治帝夫妻生活幸福，同治帝时常与她待在一起。同治帝只有一个，孝哲毅皇后得到同治帝的宠爱，那么势必就会有其他人受到冷落。慈禧太后中意的皇后人选，凤秀之女入宫之后，封了个慧妃。入宫之后，同治帝并不怎么喜爱她，自然而然的便冷落了她。慈禧太后见孝哲毅皇后得到同治喜爱，而慧妃却被冷落，心里自然不痛快，对孝哲毅皇后的厌恶更深，以至于后来做出了干涉帝后生活的事情。
慈禧太后之所以讨厌孝哲毅皇后，应该还有慈安太后的原因在。慈安太后在的时候，慈禧太后的确事事取得慈安太后的同意才会去做。但这并不代表，慈禧太后真与慈安太后姐妹情深。后宫女人之间，天生就存在着不可调和的矛盾。否则后来也不会流出，慈安太后是被慈禧太后害死的说法。而孝哲毅皇后是慈安太后钦定的皇后，是堂堂正正从紫禁城正门抬入的皇后，是正室。而慈禧太后是选秀入宫，从低阶嫔妃慢慢升至如今的地位。虽然与慈安太后并尊太后，但东宫太后慈安太后因为正妻的原因，地位远高于慈禧，所以慈禧对于嫡庶想来还是有些计较的。
慈禧太后经常因为一件小事，就处罚孝哲毅皇后。一般情况下，孝哲毅皇后都默默忍受，但有一次慈禧竟让太监掌掴她。掌掴是清朝对女人最具侮辱性的刑罚，一般宫女都不会受这类刑罚。而孝哲毅皇后作为一国之母，竟然要受此刑罚，自然不愿，便说：臣妾再怎么也是个正宫皇后，没有该掌嘴的理由！
这话听到慈禧耳里，怎么都不好听。慈禧虽然现在贵为太后，但她一生的遗憾，便是自己当年不是从大清门进宫，不曾当过皇后。因此，孝哲毅皇后的一番言语，让慈禧太后觉得，是在讽刺和嘲笑自己不是从大清门进来的正宫皇后。听了孝哲毅皇后这么一番话，慈禧太后越发憎恨。
另一个原因，便在于孝哲毅皇后自身。孝哲毅皇后性格耿直，不善逢迎。因此虽然身边的宫女太监，都劝她去讨好慈禧，但她认为自己只要行为端正，便没必要阿谀奉承，溜须拍马。不讨好也就算了，但因为耿直的性格，孝哲毅皇后总会有意无意得罪慈禧，让自己的处境更加艰难。
民国三十五年《世界日报》略载：三十四年十二月清三陵被盗，一、同治惠陵，棺两口。一同治，一陪妃，尸体俱面目如生。金棺前供桌上同治翠印一、金表一。棺内外珠宝、玉翠、金属等品，用麻袋装出，再用香炉量分，金子约二十余斤。当时战乱，盗墓猖獗。清代帝王的陵寝很多都遭受了劫难，而孝哲毅皇后更惨。因为有她是吞金而亡的传说，所以盗墓者将她肚腹剖开，将肠子捋了一遍，看有没有金子。身前受慈禧虐待，死后尸身受辱，这位皇后的一生，实在可怜可叹。