马祖岩的前身又叫佛日峰。在赣州东郊贡水之滨，高不过263米。却是俯瞰赣州城的最佳处，伫立山巅南可望郁郁葱葱的巍巍崆峒山；西可眺望匍匐于贡水之南的耸秀古城；北面是比马祖岩还得名更久远的储山；东边是翠色宜人的逶迤的群山。在这山环水抱、人杰地灵之所，即可窥视孤郁的郁孤台、望阙台，又可见古天竺寺、江东庙。山上既有茂林修竹、珍禽异兽，山下又有村舍人家、田野阡陌，既有清澈溪流，又有野花芬芳。这如此般的宝地被马祖一眼看中，遂马祖率众修建了寺院，成就了马祖的心印传授，使他成为了一代宗师。也使佛日峰成了今日的马祖岩，成为了佛家圣地。
马祖，四川什邡县人，俗姓马，号马祖。佛号叫：道一禅师。唐宪宗赐谥大寂禅师。据同治年间（赣州府志）记载：道一禅师，“容貌奇异、牛行虎步、引舌舐鼻、足有二轮文。”这位奇人，师从怀让和尚。据说马祖道一，在湖南南岳衡山建草寮整天盘腿静坐冥思，怀让认定其为佛法大器，便去问他：“大德坐禅，冀图个什么？”马祖说：“欲求作佛。”于是怀让禅师拿了一块砖，日日去他坐禅的庵前去磨。马祖问师“磨砖作甚？”怀让云：“磨作镜。”马祖曰：“磨砖岂得成镜？”师曰：“磨砖即不成镜，坐禅岂得成佛？”马祖于是大悟，便参怀让为师，随侍十年，得入堂奥，密受心印。为传心道，马祖来的了赣州水东佛日峰。
（一）袈裟取地
为了更好的传扬宏道，马祖师要建造一座庙宇，首先要办的就是选地。
据传，马祖仔细观察，见山峰高耸叠嶂、天上众星拱月、山水毓秀锺灵，知是风水宝地。他想，若能在此传道弘佛，可谓佳也。于是便向山主龚公募化道场基地，龚公慷慨应允。并问马祖要化多少地？马祖说：化一袈裟之地就可。龚公听了笑道，袈裟之地有何不可。马祖答道：“一言为定。”龚公道：“一言为定。”马祖即烧香施法，当众抛袈裟于空中，袈裟散开，红光闪亮，在空中飘荡，袈裟遮盖着主峰，飘带遮盖着左右两坑。左为出水坑，右为南极坑（后人又称这两坑为飘带坑）。袈裟复盖之田山二十余里，共有数百亩之多。龚公见此情景，立即与夫人商议。夫妇两人一贯乐善好施，见马祖师之法术如此高超，表示愿施全部田山给马祖传道弘佛，另择吉地开居。
马祖禅师化得了此山，非常高兴。见龚公夫妇表示愿另择一吉地开居，马祖便交一把伞给龚公，叫龚公次日往西边行去寻觅吉地。并叮嘱龚公说：行程中若遇下雨，小雨切勿开伞，大雨时开伞避雨之地，便是你应开之吉地。次日，龚公遵嘱西行择地。龚公行至林头地方，马祖变开始施法降小雨，预算龚公行至鹭溪(即今白鹭）时则降大雨。不料龚公性急，忘了马祖交待的小雨勿开大雨开的叮咛，一见天下小雨则开伞避雨，故末行至吉地鹭溪，却在林头重新开基创业，至今宗支繁衍、世泽绵长。
马祖得了龚公山后，便率众弟子在龚公山结峁开山，建立禅居。
(出木井取木）
马祖禅师地选好了，建造一座庙宇，首先要办的就是选购木材了。
一天清晨，马祖禅师扮成拾粪老人来到水东河边，见靠岸一带停满了木排，心中十分高兴。他左手提粪筐，右手拎粪耙，沿东河漫步而下。他时而停住，举起粪耙往木排上笃笃敲几下。刚走出卧蓬的木排老板，看见一个身材瘦小衣衫褴褛的老人在敲打木排，心中不禁生疑，便粗鲁地吆喝道“喂！小老头，你在干什么？”
马祖禅师随即答道：“我想买木头建房屋。”
木排老板心想：“这小老头又瘦又矮，一副穷酸相，哪像买木头的人?”便戏弄似地问道：“你想在什么地方，什么时候建房子？”
马祖从容地答道：“我已在峰顶破土动工，正等木材用！”
木排老板更不相信这小老头有这能耐。便赌气道：“你能在峰顶建房屋，我把这批木材全部送给你了。”
马祖禅师赶紧将军：“当真？”
木排老板跟着回答：“不假！”
马祖禅师咬住老板：“一言为定！”
木排老板不知弄假成真：“绝不反悔！”
夜里，木排老板睡在卧蓬里，听见木头在水里移动。他心疑有人偷木头，就悄悄起来察看，可到处搜寻都不见人影。闹腾半夜，木排老板累的疲惫不堪，终于回卧蓬睡下了。
他哪知道，马祖禅师已从峰顶打开一口直通水东河底的井，他的木头正通过河底流道，一根根运往佛日峰顶呢。
天明，木排老板发现自己的木头全部都不翼而飞，只剩几根小木头托着他的卧蓬，孤零零地浮在江边。他大惊失色，急忙寻找守木排的伙计，只见伙计们被抛在沙滩上，一个个睡得如同死猪一般。他吼醒伙计，破口大骂：“死猪！你们干什么去了？木头都偷走啦！我叫你们坐牢！”
木排老板派出众伙计上岸四处寻找，一找找到佛日峰顶看见遍山堆满了木头。马祖禅师站在一口大井边，正指挥众徒弟从井里捞木头呢。取出一根又升一根，如此升取不绝，直至庙堂竣工，还没有取完木材，传说还有一根留在井中，故此井叫出木井。
伙计们看见如此情景，赶快回去告诉老板，老板一听后，气的捶胸顿脚，他恍然大悟，原来这小老头是神人！他后悔不该以貌相人。
寺庙很快建好，马祖禅师立即开坛宏传禅学，许多民众云集听法，使禅宗大盛，也使该寺庙成为了一方名刹。
（千人锅、万人床）
相传，在寺院的古庙里，有一口大锅。一次煮食可供千人进餐。有一张床，睡万名僧人也不觉得拥挤。一日，伙房一僧人早晨起来熬稀饭时 ，不慎掉入锅中，竟被熬化了都无人知道。过堂时，一僧人用饭钵进斋发现了人的指甲盖，忙口念“阿弥陀佛”。这时，千人锅和万人床竟飘飘然飞上了天空，不知去向了。听说庙里现在还可找到当年做饭的遗址呢！