施耐庵第二次到梁山，已是明朝洪武年间的事。时间已过去了将近三十年。施耐庵已近花甲，到了垂暮之年。
那年夏秋之季，梁山脚下朱家客店来了个清癯干瘦的老头，在客店住了一个来月，因为他说话的口音带南方音。江南来的，人们就称他为江南先生。这人便是施耐庵。
施耐庵随身没带多少行李，除了几件换洗衣服。只有一项旧草帽，一个半旧的竹篮子，篮子赶时髦放着纸笔墨砚。他向朱店主说明了到梁山的意图，说他带的路费半路被盗分文不存。朱店主是个讲义气的人，听说施耐庵是来写梁山好汉故事的，不但免去他食宿费用，还关注店中伙计好好招待，临走时还赠送了十两银子作盘缠。小说中《朱贵开店》的故事，就是施耐庵从梁山回兴化后补写进去的。
施耐庵落脚在朱家客店，天天都带着干粮早出晚归，有时一去就是三五日。不过事先都向客店打招呼，以免朱店主惦念。
施耐庵第二次去梁山时，巨著《水浒》实际已经写出。去梁山折目的是再作一番考察，对小说作最后的修订、补充，为作品最后定稿。
我们知道，小说《水浒》是作者以话本《梁山泊聚义本末》为提纲，根据城市艺人说书、城乡民间传说为素材，提炼、加工、再创作而成的长篇巨著。施耐庵是位伟大的现实主义的作家，单凭年轻时候在郓城那两三年实际生活，而且走得甚为仓促，要完成这部几十万字的作品，写作中难免有捉襟之感。因此，在作品中常常留下一些空白，以待他日补充之用。施耐庵为了给《水浒》定稿，重上梁山实地考察是迫在眉睫、定不可少的一桩大事。
第一，从人数上看，《本末》记载梁山英雄为三十六人，小说中扩大为三十六天罡、七十二地煞，一百单八将，人数翻了两番。对于这些来自各行自业，通过不同的命运和遭遇，不同的道路终至逼上梁山的英雄好汉，人人的来龙去脉要安排得合情合理，有条不紊;对于出自梁山本乡本土的英雄好汉宋江、晁盖、吴用、三阮等，要让他们入籍归宗，家世、出身都要写得有根有据，不出纰漏。
第二，从地理位置止看，水泊梁山是义军的大本营，水泊的自然风光、山寨的雄关险隘、周围的城镇位置、来往的通衢要道……施耐庵都力求真实无误地与义军的活动呼应吻合，既要情景交融又要不出差错。记忆中已经模糊退色的印象需要重新考察清楚。
第三，施耐庵重视人物形象塑造，而风土民情、生活习俗又是刻画人物的重要手段。小说中诸如“阮小七头戴一顶遮日黑箬笠，身穿个棋子布背心，腰上系着一条生布裙”;“阮小五斜戴着一顶破头巾……披着一领旧布衫……里面匾扎起裤子，上面围着一道棋子布手巾”……(见百回本第十五回《吴学究说三阮撞筹》)这些并非施耐庵信笔所写，而是有根有据。阮氏兄弟的衣着打扮，一直沿袭到解放初期，几百年来在郓城民间几乎没有多大变化。再如小说中常见的“鸟”字，乃是梁山一带的口头语。这都是为增添小说的地方色彩，从梁山实地采风加进去的。由此可见作为现实主义的艺术大师的良苦用心。
传说施耐庵在离开梁山时，朱店主曾为他设宴饯行。施耐庵在席间流露，他这次重上梁山有一特大收获，一个梁山父老向他讲述的宋江等义军的另一种结局。老人说：朝廷用重兵包围水泊数月，宋江等没有接受招安，而是被迫放弃梁山北上，由于地形不熟，孤军深入，义军在海州(今江苏连云港)被知州张叔夜设计诱入山谷，来往通道被官兵堵塞，上下左右伏兵四起，巨石滚木从山上飞落，义军伤亡惨重，几次突围都没成功，义军全军覆没、全体壮烈牺牲。施耐庵为之深受感动，表示要修改接受招安的结局。
但是，施耐庵回到兴化以后，并没履行自己的诺言。不知是年事已高精力不足，难以实现许下的宏愿;还是改变主意，保留投降结局，指明接受招安只有死路一条，用以警后世。